Официально вступил в должность 5 июня. После начала работы в крае у Лебедя возник конфликт с руководством комбината
Норильский никель и, соответственно, с олигархом
Потаниным. Комбинат находился на территории края, и давал около трети всех поступлений в краевой бюджет. Проведённая по инициативе губернатора проверка выявила настолько серьёзные нарушения, что позволяло даже обанкротить комбинат (
но это было нежелательно из-за прекращения поступлений в бюджет края). Однако комбинат зарегистрировал «Норильскую горную компанию» в Таймырском автономном округе, и это позволяло (юридически) «увести» налоги из края в округ. Справиться с этим Лебедь не смог, так как его возможности как губернатора были ограничены. (с. 83-86
[28]). Как губернатор, Лебедь также попытался (не очень удачно) ограничить продажу алкогольных напитков только специально оборудованными магазинами, и прекратить выплату зарплаты администрации края до тех пор, пока не будут погашены задолженности бюджетникам. У нового губернатора также возник конфликт с местным предпринимателем, контролировавшим
Красноярский алюминиевый завод, и подозревавшимся в связях с преступными группами
Быковым. Последний поддержал Лебедя во время предвыборной кампании, но после победы генерал не стал выполнять пожелания спонсора, желавшего взять под контроль больше предприятий края. Конфликт закончился тем, что приехавшая из Москвы группа сотрудников ФСБ собрала достаточно сведений для осуждения Быкова (местные правоохранительные органы фактически контролировались Быковым, и были бессильны)
[28].