Работать в целом будет. Потерян один канал из 9, или 1/9 производительности. Еще минус, что небольшая часть воздуха будет идти через ту дырку в обход ядра интеркулера. Что также снизит его эффективность. Можно чем-то аккуратно её выстучать вниз. Но щели в обход ядра не должно быть никакой.
Лучше наверное было сделать 4/5 вход выход. Так у холодного воздуха площадь теплообмена была бы больше для лучшего охлаждения. В идеале попробовать вариант 5/4 тоже потом, просто переподключив его. У горячего воздуха выше вязкость и сопротивление. Поэтому этот вариант может иметь меньшее сопротивление потоку.